出乎博瓦索纳德意料的是，民法典在正式实施成为法律之前被搁置了下来。由帝国大学、法科大学毕业生组成的法学士会发表《意见书》，向政府和枢密院提出了延期实施民法典的建议，主要理由是，“今日吾邦于脱离封建旧制万事革新之际，社会日新月异极具变化，因此欲重视例规习惯大成法典，一不可依据封建旧制，二不可完全照搬欧美制度为之”。

《意见书》挑起了一场争论。许多学者都加入了论争，形成了“延期派”与“断行派”两大阵营。“断行派”认为民法典符合现代社会价值观，有助于日本“走向世界”，应该如期施行；“延期派”认为民法典不符合日本传统，无视日本的“固有的淳风美俗”，大大削弱了家长的权力，势必会破坏家族制度。两派的争论持续了数年时间，成为了社会热点话题。

要传统，还是要法律？两派的论争旗帜鲜明，互不退让。作为断行派的主要人物，博瓦索纳德碍于自己的外国人身份，并没有直接介入这场争论，但他的思想对于断行派产生了重要影响。

1892年2月，第三次帝国会议召开前夕，延期派广泛散发《法典实施延期意见》，尖锐指责自由主义和个人主义之下“弱肉强食”的弊端。断行派则以《法典实施断行意见》回击说，实施民法是近代法治国家不可或缺的条件，延期派所担心的社会弊端正是法制不发达所引起的后果。如果法典不及时施行，将扰乱国家秩序、败坏伦理、妨碍宪法实施。

在此期间，东京帝国大学法学教授穗积八束发表了一篇重磅文章。他在文中写道：“我国是尊祖训、重家制之邦，权力与法均生于家……所谓家长权神圣不可侵犯，理由源于祖先的神灵神圣不可侵犯。家族中无论长幼男女，一是服从其威信和权力，一是赖于其保护。”在他看来，欧洲人由于信奉基督教，子孙不知供奉祖先，孝道殆尽；而日本固有的家庭制度与此完全不同，男女并非是通过婚姻才建立家庭，而是欲使家嗣永续才行婚姻之礼。

穗积八束认为，日本社会一直以来以祖先崇拜的教义作为支撑，祖先对于家族的维系极其重要。瓦索纳德民法典以极端个人主义为中心，结果相当危险，“完全无视三千年来的本国信仰，将会导致否认和遗弃民族信仰，并将摧毁我们的‘家族’制度”。

此后，日本政府对这部法律进行了重新编订，新法典于1898年最终颁布生效。新民法典是一个相互矛盾的折中方案：一方面，它承认个人的地位是资本主义社会中的独立个体，在财产上两性之间法律平等、个人选择自由、个人财产所有权等规定被保留；另一方面，个人被置于家庭关系的层级结构之中，受到了强制性的约束。

和维新早期的做法不同，日本政府在80年代以后的改革中开始强调日本“特色”。这种做法将日本引向了另一条道路，日本不再追求普世价值，转而鼓吹国粹和民族主义。曾参与民法典修订的西园寺公望在年轻时曾在法国生活了10年时间，深信文明的普世性。他对于这种“特殊国情论”不以为然，一针见血地指出：“通常来说，一个国家或者民族被称为‘特色’的东西，是指一种缺点或特质……当今日本教育工作者喋喋不休的所谓日本人与众不同的大部分特质，将会使我们的学问更加贫困……”

1910年，85岁的博瓦索纳德在法国安然去世。明治时代已经接近尾声，但是那部矛盾的民法典还是继续施行了两代人时间。直到1947年美国占领期间，日本民法中“家族”的概念才遭到否定。

博瓦索纳德的法学理念最终战胜了特殊国情，二战后，掀起了日本法学界重温法国法学的热潮。